| Country | Belgium | ||
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| Champions | Genk | ||
| Runner-up | Standard Liège | ||
| Matches played | 33 | ||
| Goals scored | 98 (2.97 per match) | ||
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The 1999–2000 Belgian Cup was the 45th season of the main knockout competition in Belgian association football, the Belgian Cup.
The final phase started in the round of 32 when all clubs from the first division entered the competition (18 clubs plus 14 clubs from the qualifications).[1] All rounds were played in one leg except for the semifinals. The final game was played at the Heysel Stadium in Brussels and won by Genk against Standard Liège.
| Round of 32 | Round of 16 | Quarter-finals | Semifinals | Final | ||||||||||||||||||||
| Genk | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Tongeren | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Genk | 8 | |||||||||||||||||||||||
| Ingelmunster | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Anderlecht | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Ingelmunster | 4 | |||||||||||||||||||||||
| Genk | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Gent | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Waregem | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Cercle Brugge | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Waregem | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Gent | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Gent | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Dessel Sport | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Genk | 0 | 1 | ||||||||||||||||||||||
| Sint-Truidense | 0 | 0 | ||||||||||||||||||||||
| Louviéroise | 0(2) | |||||||||||||||||||||||
| Mouscron | 0(3) | |||||||||||||||||||||||
| Mouscron | 0(1) | |||||||||||||||||||||||
| Sint-Truidense | 0(4) | |||||||||||||||||||||||
| Sint-Truidense | 1* | |||||||||||||||||||||||
| Francs Borains | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Sint-Truidense | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Aalst | 1 | |||||||||||||||||||||||
| R Charleroi SC | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Aalst | 6 | |||||||||||||||||||||||
| Aalst | 4 | |||||||||||||||||||||||
| Germinal Beerschot Antwerpen | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Oostende | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Germinal Beerschot Antwerpen | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Genk | 4 | |||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Harelbeke | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Westerlo | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Westerlo | 3 | |||||||||||||||||||||||
| Beveren | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Mons | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Geel | 1(3) | |||||||||||||||||||||||
| Mons | 1(4) | |||||||||||||||||||||||
| Mons | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Lommelse | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Lommelse | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Molenbeek | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Standard Liège | 2 | 0 | ||||||||||||||||||||||
| Lierse | 1 | 0 | ||||||||||||||||||||||
| Antwerp | 4 | |||||||||||||||||||||||
| Heusden-Zolder | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Antwerp | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Lierse | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Lierse | 6 | |||||||||||||||||||||||
| Torhout | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Lierse | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Lokeren | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Lokeren | 1 | |||||||||||||||||||||||
| Club Brugge | 0 | |||||||||||||||||||||||
| Lokeren | 4 | |||||||||||||||||||||||
| KV Mechelen | 0 | |||||||||||||||||||||||
| KV Mechelen | 2 | |||||||||||||||||||||||
| Hekelgem | 1 | |||||||||||||||||||||||
* after extra time
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